Насколько я знаю, вы не можете добавить несколько модулей через Flash Builder. Диалог только для одного за один раз.
Однако вы можете добавить их самостоятельно с помощью файла .actionScriptProperties, расположенного в корневой папке вашего проекта (вам нужно просмотреть его через проводник).
Под узлом добавьте необходимое количество следующих элементов:
<module application="src/YourMainApp.mxml" destPath="com/modules/yourModule.swf" optimize="true" sourcePath="com/modules/yourModule.mxml"/>
DestPath определяет, где модуль будет расположен в опубликованной структуре каталогов. SourcePath - это путь в вашем проекте к файлу MXML вашего модуля. Оба они относятся к местоположению основного приложения.