Вам нужно найти способ сгруппировать столбцы по трем, например:
grp = (1:ncol(Matrix) -1) %/% 3
или если вы знаете размеры:
grp = rep(0:2,each=3)
Выполнение сумм строк в столбцах по три мы можем сделать это с помощью функции:
SumCols = function(M,col_grp){
sapply(unique(col_grp),function(i)rowSums(M[,col_grp==i]))
}
SumCols(Matrix,grp)
[,1] [,2] [,3]
[1,] 18 63 108
[2,] 21 66 111
[3,] 24 69 114
[4,] 27 72 117
[5,] 30 75 120
Так что поместите это в свой список матриц,
Reduce("+",lapply(List[[1]],SumCols,grp))
[,1] [,2] [,3]
[1,] 540 1890 3240
[2,] 630 1980 3330
[3,] 720 2070 3420
[4,] 810 2160 3510
[5,] 900 2250 3600