Важно не только процессор, вы насыщаете ввод-вывод? Является ли более быстрый компьютер настолько быстрым, что он записывает гораздо больше данных, которые не может поддерживать ЦП, тогда как более медленная машина гремит, и поэтому ЦП полностью загружен.
Блокировка также может сыграть свою роль, я знаю, что простое тестовое приложение, которое я написал давным-давно, показало большие различия в производительности между одноядерными и четырехъядерными системами. (одно ядро было намного быстрее, я думаю .NET оптимизировал устранение блокировок для него, тогда как четырехъядерное ядро пострадало).
Короче говоря, если не будет достаточно информации о проблеме, никто не сможет дать вам ничего, кроме предположений о причине.