Если выбор между поваром ie и localStorage, у обоих есть свои плюсы и минусы, когда речь заходит о безопасности. Если все атрибуты безопасности установлены правильно (HttpOnly, secure, SameSite = strict), верно, что файлы cookie могут быть более защищены от определенных атак.
Однако атрибуты SameSite могут работать не для всех и могут не защищать все функции от атак CSRF (межсайтовая подмена запросов).
HttpOnly защитит значение от доступа к JavaScript, что хорошо, если приложение подвержено (XSS) уязвимостям межсайтового скриптинга. Тем не менее, любой злоумышленник с умеренной квалификацией может легко достичь желаемого, не обращаясь к действительному значению токена.
При хранении токенов в localStorage необходимо помнить, что при закрытии браузера он не очищается, а это означает, что пользователь не выйдет из системы при закрытии браузера - чего многие ожидают. Если это проблема, вы можете вместо этого сохранить JWT в sessionStorage.