Вы должны использовать параметр c, чтобы раскрасить различия. Пожалуйста, смотрите код ниже:
X = [1, 5, 63, 77, 103, 148, 156, 177, 183]
Y = [3, 46, 65, 87, 129, 150, 166, 181, 186]
Diff = [ 2, 41, 2, 10, 26, 2, 10, 4, 3]
import matplotlib.pyplot as plt
plt.scatter(X,Y,c=Diff)