Если у вас есть фактический тип контента Hypermedia, тогда да, ссылки должны быть в теле. Наличие типа ссылки является неотъемлемой частью того, что представляет собой тип данных Hypermedia.
Однако не все типы мультимедиа поддерживают гипермедиа (например, изображения), поэтому любые соответствующие ссылки для этих типов могут принадлежать только в заголовок.
В конце концов, хотя, как вы говорите, «это действительно легко», тогда непременно используйте ссылки на заголовки.
Вы также можете поместить их в обоих местах. Используйте ссылки заголовка для себя в своей системе (то есть вы можете предположить, что они есть и использовать их), и, если это не так уж сложно, заполните те же ссылки в документах Hypermedia, которые вы публикуете sh.