R Память выделяет векторную ошибку в Azure ВМ - PullRequest
Новая
       8

R Память выделяет векторную ошибку в Azure ВМ

0 голосов
/ 27 апреля 2020

Я хотел запустить данные по интенсивной вычислительной геномике на Azure ВМ, Мои коды заканчиваются между ними и отображает следующую ошибку 

   Error: cannot allocate vector of size 7.3 Gb
    In addition: There were 50 or more warnings (use warnings() to see the first 50)
    Execution halted
    Warning message:
    system call failed: Cannot allocate memory

Я попытался проверить системную память в R, она показывает следующее 

> memory.limit()
[1] Inf
Warning message:
'memory.limit()' is Windows-specific

Моя конфигурация виртуальной машины выглядит следующим образом 

Architecture:          x86_64
CPU op-mode(s):        32-bit, 64-bit
Byte Order:            Little Endian
CPU(s):                16
On-line CPU(s) list:   0-15
Thread(s) per core:    2
Core(s) per socket:    8
Socket(s):             1
NUMA node(s):          1
Vendor ID:             GenuineIntel
CPU family:            6
Model:                 85
Model name:            Intel(R) Xeon(R) Platinum 8171M CPU @ 2.60GHz
Stepping:              4
CPU MHz:               2095.229
BogoMIPS:              4190.45
Virtualization:        VT-x
Hypervisor vendor:     Microsoft
Virtualization type:   full

Я пытался объяснить причину ошибки следующим образом 

> gc()
         used (Mb) gc trigger (Mb) max used (Mb)
Ncells 262523 14.1     641802 34.3   431208 23.1
Vcells 532674  4.1    8388608 64.0  1753958 13.4
> memory.limit()
[1] Inf
Warning message:
'memory.limit()' is Windows-specific

Количество ядер: 

$ nproc --all
16

Оперативная память моей виртуальной машины выглядит следующим образом 

 free -h | gawk  '/Mem:/{print $2}'
62G

моя версия R 

R version 3.6.0 (2019-04-26) -- "Planting of a Tree"
Copyright (C) 2019 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit)

Я не уверен, как решить эту проблему, пожалуйста, помогите мне запустить R Я - врач, и у меня очень мало знаний об этих Azure виртуальных машинах. Большое спасибо за помощь 

library(Seurat)
library(scran)
library(scater)
library(SingleR)

singler_rt_lt <- CreateSinglerSeuratObject(counts = counts, project.name = "", species = "Human", min.genes = 500, min.cells = 2, npca = 10, technology = "X10", citation = "", ref.list = list(), normalize.gene.length = F, variable.genes = "de", fine.tune = T, do.signatures = T, do.main.types = T, reduce.file.size = T, numCores = 16, annot="colnames.count.txt")

Мои данные состоят из 70000 столбцов и 50000 строк (Матрица данных счета)

...