Возможно, ваш компьютер настроен на чтение чисел с символом «,» в качестве десятичного разделителя вместо «.». Попробуйте:
import pandas as pd
btc = pd.read_csv('btc.csv',index_col='Date',parse_dates=True, decimal='.', thousands=',')
btc = btc['Price']
spy = pd.read_csv('spy.csv',index_col='Date',parse_dates=True, decimal='.', thousands=',')
spy = spy['Price']
stocks = pd.concat([btc,spy],axis=1).dropna()
stocks.columns = ['btc','spy']
stocks.pct_change(1).corr()