ВСТАВИТЬ или ОБНОВИТЬ объемные данные из базы данных / CSV в базу данных PostgreSQL - PullRequest
0 голосов
/ 06 апреля 2020

Требование: Вставить новые данные и обновить существующие данные в навалом (количество строк> 1000) из кадра данных / CSV ( который когда-либо подходит) и сохраните его в базе данных PostgreSQL.

Таблица: TEST_TABLE

CREATE TABLE TEST_TABLE (
itemid varchar(100)  NOT NULL PRIMARY KEY,
title varchar(255),
street varchar(10),
pincode VARCHAR(100));

INSERT: ['756252', 'tom title', 'APC Road', '598733' ], 
        ['75623', 'dick title', 'Bush Road', '598787' ], 
        ['756211', 'harry title', 'Obama Street', '598733' ]

содержимое фрейма данных:

data = [['756252', 'tom new title', 'Unknown Road', 'pin changed' ], 
        ['75623', 'dick new title', 'Bush Road changed', '598787 also changed' ], 
        ['756211', 'harry title', 'Obama Street', '598733'],
        ['7562876', 'new1 data title', 'A Street', '598730'],
        ['7562345', 'new2 data title', 'B Street', '598731'],
        ['7562534', 'new3 data title', 'C Street', '598732'],
        ['7562089', 'new4 data title', 'D Street', '598733']] 

df = pd.DataFrame(data, columns = ['itemid', 'title', 'street', 'pincode']) 

Я хочу ОБНОВИТЬ записи с такими же itemid и INSERT новыми записями. Данные будут огромными (размер файла CSV, созданного на основе данных, превышает 50 МБ).

Используемый язык программирования: Python

База данных: PostgreSQL

1 Ответ

1 голос
/ 07 апреля 2020

В этом конкретном случае лучше перейти на уровень DB-API, потому что вам нужны некоторые инструменты, которые не предоставляются даже непосредственно SQLAlchemy Core, например copy_expert(). Это можно сделать с помощью raw_connection(). Если ваши исходные данные представляют собой файл CSV, в этом случае вам вообще не нужно pandas. Начните с создания временной промежуточной таблицы, скопируйте данные во временную таблицу и вставьте в таблицу назначения с обработкой конфликтов:

conn = engine.raw_connection()

try:
    with conn.cursor() as cur:
        cur.execute("""CREATE TEMPORARY TABLE TEST_STAGING ( LIKE TEST_TABLE )
                       ON COMMIT DROP""")

        with open("your_source.csv") as data:
            cur.copy_expert("""COPY TEST_STAGING ( itemid, title, street, pincode )
                               FROM STDIN WITH CSV""", data)

        cur.execute("""INSERT INTO TEST_TABLE ( itemid, title, street, pincode )
                       SELECT itemid, title, street, pincode
                       FROM TEST_STAGING
                       ON CONFLICT ( itemid )
                       DO UPDATE SET title = EXCLUDED.title
                                   , street = EXCLUDED.street
                                   , pincode = EXCLUDED.pincode""")

except:
    conn.rollback()
    raise

else:
    conn.commit()

finally:
    conn.close()

Если с другой стороны ваши исходные данные - DataFrame, вы можете по-прежнему использовать COPY от , передавая функцию от method= до to_sql(). Функция может даже скрыть все вышеперечисленные логи c:

import csv

from io import StringIO
from psycopg2 import sql

def psql_upsert_copy(table, conn, keys, data_iter):
    dbapi_conn = conn.connection

    buf = StringIO()
    writer = csv.writer(buf)
    writer.writerows(data_iter)
    buf.seek(0)

    if table.schema:
        table_name = sql.SQL("{}.{}").format(
            sql.Identifier(table.schema), sql.Identifier(table.name))
    else:
        table_name = sql.Identifier(table.name)

    tmp_table_name = sql.Identifier(table.name + "_staging")
    columns = sql.SQL(", ").join(map(sql.Identifier, keys))

    with dbapi_conn.cursor() as cur:
        # Create the staging table
        stmt = "CREATE TEMPORARY TABLE {} ( LIKE {} ) ON COMMIT DROP"
        stmt = sql.SQL(stmt).format(tmp_table_name, table_name)
        cur.execute(stmt)

        # Populate the staging table
        stmt = "COPY {} ( {} ) FROM STDIN WITH CSV"
        stmt = sql.SQL(stmt).format(tmp_table_name, columns)
        cur.copy_expert(stmt, buf)

        # Upsert from the staging table to the destination. First find
        # out what the primary key columns are.
        stmt = """
               SELECT kcu.column_name
               FROM information_schema.table_constraints tco
               JOIN information_schema.key_column_usage kcu 
               ON kcu.constraint_name = tco.constraint_name
               AND kcu.constraint_schema = tco.constraint_schema
               WHERE tco.constraint_type = 'PRIMARY KEY'
               AND tco.table_name = %s
               """
        args = (table.name,)

        if table.schema:
            stmt += "AND tco.table_schema = %s"
            args += (table.schema,)

        cur.execute(stmt, args)
        pk_columns = {row[0] for row in cur.fetchall()}
        # Separate "data" columns from (primary) key columns
        data_columns = [k for k in keys if k not in pk_columns]
        # Build conflict_target
        pk_columns = sql.SQL(", ").join(map(sql.Identifier, pk_columns))

        set_ = sql.SQL(", ").join([
            sql.SQL("{} = EXCLUDED.{}").format(k, k)
            for k in map(sql.Identifier, data_columns)])

        stmt = """
               INSERT INTO {} ( {} )
               SELECT {}
               FROM {}
               ON CONFLICT ( {} )
               DO UPDATE SET {}
               """

        stmt = sql.SQL(stmt).format(
            table_name, columns, columns, tmp_table_name, pk_columns, set_)
        cur.execute(stmt)

Затем вы вставите новый DataFrame, используя

df.to_sql("test_table", engine,
          method=psql_upsert_copy,
          index=False,
          if_exists="append")

Используя этот метод для сохранения ~ 1 000 000 строк потребовалось около 16s на этой машине с локальной базой данных.

Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...