Используя библиотеку dplyr, вы можете использовать
library(dplyr)
df %>%
filter(value1 > value2)
Это покажет всем строкам, что значение1 больше соответствующего значения2.
Из вашего вопроса не ясно, достаточно ли этого для удаления всех повторяющихся значений идентификаторов - как вы будете обрабатывать, это будет зависеть от вашей цели и структуры ваших данных (есть ли идентификаторы, которые имеют несколько соответствует вашим критериям (если да, то хотите ли вы сохранить все из них или только первый / последний / один с наибольшим значением / некоторые другие критерии)