Если вы хотите новый объект с двумя ключами, Object1 и Object2, вы можете сделать:
JSONObject Obj1 = (JSONObject) jso1.get("Object1");
JSONObject Obj2 = (JSONObject) jso2.get("Object2");
JSONObject combined = new JSONObject();
combined.put("Object1", Obj1);
combined.put("Object2", Obj2);
Если вы хотите объединить их, например, у объекта верхнего уровня есть 5 ключей (Stringkey1, ArrayKey, StringKey2, StringKey3, StringKey4), я думаю, что вы должны сделать это вручную:
JSONObject merged = new JSONObject(Obj1, JSONObject.getNames(Obj1));
for(String key : JSONObject.getNames(Obj2))
{
merged.put(key, Obj2.get(key));
}
Это было бы намного проще, если бы JSONObject реализовал Map и поддержал putAll.