Из вашего вопроса я понял, что вы сравниваете только две последние строки файла и удаляете их, если они совпадают. Пожалуйста, попробуйте следующую команду
#!/bin/bash
set -- `tail -n 2 file | uniq -c`
case $1 in
2) sed -i '$d' file ;;
*) echo "something else";;
esac