По сути, у вас есть две проблемы: как определить точку внедрения в сгенерированном коде и как запустить оттуда скрипты python / ruby / whatev.
В зависимости от того, как вы генерируете процесс, одним из возможных решений будет добавление функции к каждой возможной точке ввода. Функция проверит, ассоциировал ли пользователь какие-либо сценарии с заданными точками, и если это так, запускает сценарий, вызывая IronPython / IronRuby (с необязательными заданными параметрами).
Недостатки: ограниченный доступ сценариев к создаваемому процессу (в основном, доступны только переменные, переданные в качестве параметров); а также пределы реализации (в текущей версии IronPython отсутствует несколько основных системных функций).