Похоже, у вас есть две отдельные проблемы: (1) хранение учетных данных на клиенте и (2) связь со службой.
Вы можете обратиться к службе связи (и предотвратить перехват потока), используя вашу службу по SSL. Весь поток связи зашифрован.
Хранение учетных данных на клиенте находится за пределами вашего API - вы не можете контролировать то, что кто-то делает с учетными данными. Если вы также несете ответственность за развертывание и обслуживание клиента настольного компьютера, который вызывает ваш API, существуют стратегии для сохранения учетных данных на клиенте (в зависимости от ОС). В противном случае самая безопасная ставка проста - не храните учетные данные, требуйте Пользователь должен предоставить параметры uid / pwd для каждого сеанса. Опять же, все зависит от операционной системы хоста и клиентского приложения.