Если XSD является встроенным ресурсом в сборке, его необходимо получить из сборки.
Если ваш проект ссылается и использует сборку, вам не нужно загружать ее снова (вам не нужно 2 копии в памяти).
Самый простой способ получить сборку - это один из типов, определенных в нем:
Type t = typeof(TypeInOtherAssembly);
Assembly assembly = t.Assembly;
assembly.GetManifestResourceStream(...);