Я думаю, что часть проблемы в том, что score1.data
теперь является вектором. Как написано, кажется, что вы действительно хотите отфильтровать данные.
1) Если вы хотите сохранить как мужчин, так и женщин, вы можете разделить ваши данные с помощью:
split(na.omit(students$score1), score1.data$gender)
2) Если вы действительно хотите установить свои данные (например, чтобы получить учениц):
subset(x = na.omit(students$score1), subset = Gender== "Female")