Что означает «Ошибка: должен использовать вектор в` [`, а не объект матрицы классов». имеется ввиду при запуске PCA?

Question

Я довольно новичок в R и пытаюсь запустить PCA для неполного набора данных с кодом:

res.comp <- imputePCA(questionaire_results_PCA, ncp = nb$ncp)

, но R говорит мне:

Ошибка: должен использоваться вектор в [, а не объект матрицы классов. Запустите rlang::last_error(), чтобы увидеть, где произошла ошибка.

Итак, я запускаю:

rlang::last_error()

R говорит:

 1. missMDA::imputePCA(questionaire_results_PCA, ncp = nb$ncp)
 4. tibble:::`[.tbl_df`(X, !is.na(X))
 5. tibble:::check_names_df(i, x)
Run `rlang::last_trace()` to see the full context

Итак, я запускаю:

rlang::last_trace()

И Р говорит:

Must use a vector in `[`, not an object of class matrix.
Backtrace:
    █
 1. └─missMDA::imputePCA(questionaire_results_PCA, ncp = nb$ncp)
 2.   ├─base::mean((res.impute$fittedX[!is.na(X)] - X[!is.na(X)])^2)
 3.   ├─X[!is.na(X)]
 4.   └─tibble:::`[.tbl_df`(X, !is.na(X))
 5.     └─tibble:::check_names_df(i, x)

Кто-нибудь знает, что это значит и как я мог заставить его работать?

Я запустил: dput(head(questionaire_results_PCA))

и получил:

structure(list(Active = c(6, 6, 5, 7, 5, 6), `Aggressive to people` = c(NA, 
4, NA, 2, NA, 1), Anxious = c(NA, 4, NA, 3, NA, 2), Calm = c(NA, 
5, NA, 5, NA, 6), Cooperative = c(7, 6, 7, 6, 6, 6), Curious = c(7, 
2, 7, 7, 7, 6), Depressed = c(1, 3, 1, 1, 1, 1), Eccentric = c(1, 
3, 1, 4, 1, 4), Excitable = c(5, 2, 5, 5, 4, 4), `Fearful of people` = c(1, 
2, 1, 2, 1, 1), `friendly of people` = c(5, 6, 7, 7, 7, 7), Insecure = c(2, 
5, 2, 3, 2, 2), Playful = c(4, 6, 2, 5, 6, 6), `Self assured` = c(7, 
6, 7, 5, 6, 6), Smart = c(6, 2, 7, 5, 7, 3), Solitary = c(4, 
4, 3, 4, 3, 2), Tense = c(1, 2, 1, 3, 1, 2), Timid = c(2, 2, 
2, 2, 2, 2), Trusting = c(6, 6, 6, 6, 6, 6), Vigilant = c(7, 
6, 5, 3, 5, 3), Vocal = c(2, 7, 1, 6, 1, 7)), row.names = c(NA, 
-6L), class = c("tbl_df", "tbl", "data.frame"))

Затем я запустил код: dput(nb$ncp)

и получил: 3L

Answer 1

Вот ответ, если кто-то сталкивается с той же проблемой. Используя данные, предоставленные OP:

 class(questionaire_results_PCA)
[1] "tbl_df"     "tbl"        "data.frame"

Для ввода imputePCA требуется data.frame, но он не работает с триблом. Поэтому нам нужно преобразовать его обратно в матрицу или data.frame:

library(missMDA)
res.comp <- imputePCA(data.frame(questionaire_results_PCA), ncp = 2)

Error in eigen(crossprod(t(X), t(X)), symmetric = TRUE) : 
  infinite or missing values in 'x'

Я получаю эту ошибку, потому что это подмножество данных, а в некоторых столбцах нет отклонений, мы сначала обходим это.

sel = which(apply(questionaire_results_PCA,2,sd)!=0)

# returns you a data.frame
res1 <- imputePCA(as.data.frame(questionaire_results_PCA[,sel]), ncp = 2)
# returns you a matrix
res2 <- imputePCA(as.matrix(questionaire_results_PCA[,sel]), ncp = 2)