Самый прямой ответ заключается в том, что реализация X3DOM не поддерживает узлы Prototype, которые находятся в VMRL и переведенных файлах X3D, поэтому даже идеальное преобразование не будет выполнено в X3DOM.
X_ITE javascript -WebGL-реализация (http://create3000.de/x_ite/getting-started/) поддерживает эти узлы X3D.
При этом файлы, которые вы предоставили, ссылаются на несколько других, поэтому я не могу по-настоящему проверить, как X_ITE делает с преобразованными файлами.
Консорциум Web3D поддерживает сообщество пользователей, которое, я думаю, заинтересовалось бы этим приложением и могло бы дать больше советов. С ними можно связаться на сайте: http://www.web3d.org; и публикации c список рассылки https://www.web3d.org/mailman/listinfo/x3d-public_web3d.org