Пространство имен по умолчанию в MyNumbers изменяется. Итак, самый простой способ ниже:
using System;
using System.Collections.Generic;
using System.Linq;
using System.Text;
using System.Xml;
using System.Xml.Linq;
namespace ConsoleApplication1
{
class Program
{
const string FILENAME = @"c:\temp\test.xml";
static void Main(string[] args)
{
XDocument doc = XDocument.Load(FILENAME);
XElement soap = doc.Root;
XElement number3 = doc.Descendants().Where(x => x.Name.LocalName == "number3").FirstOrDefault();
number3.SetValue(5678);
}
}
}