Как пользователь при входе в систему:
Зависит от того, когда именно вы хотите, чтобы это началось. Желание запустить его от имени пользователя и писать файлы, поскольку пользователь, кажется, указывает, что вы хотите запустить его при входе в систему. Это может быть достигнуто путем добавления его под
System -> Preferences -> Sessions -> Statup Programs
или
System -> Preferences -> Startup applications
В зависимости от вашей версии гнома.
Или, сделайте вызов вашей Java-программы в ~/.profile
.
Как root при загрузке: Чтобы запустить его как root во время загрузки, следуйте инструкциям на http://embraceubuntu.com/2005/09/07/adding-a-startup-script-to-be-run-at-bootup/
Итак, у вас есть собственный скрипт, который вы хотите запускать при загрузке при каждой загрузке. Это скажет вам, как это сделать.
Написать сценарий. поместите его в каталог /etc/init.d/.
Допустим, вы назвали это FOO. Затем вы запускаете
% update-rc.d FOO по умолчанию
Вы также должны сделать созданный вами файл FOO исполняемым, используя
$ chmod + x FOO