У меня есть 2 git ветви в Eclipse IDE: master и dev. Это проекты maven с родительским POM (т. Е. Это главный pom с подпапками, в которых есть дочерние и poms). Если я добавлю новый модуль в версию dev, добавлю sh в git, et c, а затем переключусь обратно на master, Eclipse по ошибке отобразит эти папки и файлы как "Unstaged Changes" в Git Постановка вкладки. Это происходит только при добавлении в dev новых модулей, которых еще нет в основной ветке.