Это потому, что вы записываете свои файлы в папку, где находится ваше приложение. Вы должны записать их в / sdcard, а также дать права на запись:
from jnius import autoclass
from android.permissions import request_permissions, Permission
...
# request a permission from user
request_permissions([Permission.WRITE_EXTERNAL_STORAGE, Permission.READ_EXTERNAL_STORAGE])
...
# path to sdcard (external storage that user have access to)
Environment = autoclass('android.os.Environment')
sdpath = Environment.getExternalStorageDirectory().getAbsolutePath()
Итак, после этого вы можете сделать свою папку там, что-то вроде:
if not os.path.exists(sdpath + '/yourappname'):
os.makedirs(sdpath + '/yourappname')
И сохранить ваши файлы там они не будут удалены при переустановке приложения.
PS не забудьте добавить pyjnius к требованиям в файле buildozer spe c!