Это особенность отладчика. Ваше приложение по-прежнему завершается, как вы ожидаете:

Как видите, консоль отладки остается открытой и записывает код выхода консольного приложения после того, как это вышло. Он даже говорит вам, как изменить это поведение:
Чтобы автоматически закрывать консоль, когда отладка останавливается, включите Инструменты-> Параметры-> Отладка-> Автоматически закрывать консоль, когда отладка прекращается.