Я решил свою проблему. Я упал на это действительно удачей. Вот решение: также было достаточно указать в замыкании в том же порядке, что и массив, имя, связанное со значениями массива. Например, вот пример:
<?php
$runtime = new \parallel\Runtime();
$myvar = 'hello';
$var2 = 'Guys';
$future1 = $runtime->run(function($first,$second){
echo $first.PHP_EOL; // hello
echo $second; //Guys
},array($myvar,$var2));
/*Result:
hello
Guys
*/
?>