Используйте настройку "explorer.confirmDelete": true,
, откроется окно подтверждения.
Еще одна настройка, которая поможет мне в этом разобраться.
"files.enableTrash": true,
переместит файлы в ОС tra sh вместо постоянного удаления. Таким образом, вы можете go копать в tra sh, когда это произойдет.
Также есть
"workbench.editor.closeOnFileDelete": false
, в котором будут храниться открытые файлы, которые были удалены в редакторе. Хорошая вторичная опция при удалении чего-либо.