Это намного проще в Linux командной строке, и не нужно загружать файл в память
Используйте команду tail, +2 - это количество пропускаемых строк. Часто для меня, из-за того, как файлы отформатированы, мне нужно +2 вместо +1:
tail -n +2 small.csv >> giant.csv
Это должно сработать.
Если вам нужно сделать это в python, то может сработать что-то вроде режима добавления, но его нужно будет загрузить в память.