Похоже, что каждый элемент x и y является списками одинаковой длины. Вам просто нужно перебирать списки параллельно, используя zip
.
from scipy import stats
x= [[ 5, 6, 4, 3, 1, 2], [3,2,4,1], [2,1,3]]
y=[[5, 6, 3, 1, 2, 4], [ 1,3, 2, 4], [1,2,3]]
for l1, l2 in zip(x, y):
print(stats.kendalltau(l1, l2))
KendalltauResult(correlation=0.6, pvalue=0.1361111111111111)
KendalltauResult(correlation=-0.6666666666666669, pvalue=0.3333333333333333)
KendalltauResult(correlation=0.33333333333333337, pvalue=1.0)