Если тестируемое приложение предполагает, что сегмент существует, вы можете просто создать сегмент как часть теста:
@mock_s3
def test_something():
client = boto3.client("s3", endpoint_url="http://localhost:5000")
client.create_bucket(Bucket="test-bucket")
# Call whatever function/business logic you're trying to test, that assumes a bucket called 'test-bucket' exists
something()