Как описано здесь , вы можете сделать это, отключив кнопку (x) простым проходом.
import tkinter as tk
root=tk.Tk()
def disable_event():
pass
root.protocol("WM_DELETE_WINDOW", disable_event)
root.mainloop()
Или вы можете удалить панель инструментов с помощью root.overrideredirect(True)
.