Здесь недопонимание фильтров! Правило - один фильтр на страницу, приведенный ниже код дает желаемый результат.
var wb = new XLWorkbook();
var ws = wb.Worksheets.Add("AutoFilter");
ws.Cell("A1").Value = "Names";
ws.Cell("A2").Value = "John";
ws.Cell("A3").Value = "Hank";
ws.Cell("A4").Value = "Dagny";
ws.Cell("B1").Value = "id";
ws.Cell("B2").Value = "1";
ws.Cell("B3").Value = "2";
ws.Cell("B4").Value = "3";
var r2 = ws.Range("A1", "B4");
r2.SetAutoFilter();
wb.SaveAs(filtertest);
результат