Вам не нужно ничего делать. Kafka Streams будет всегда разделять темы. Ie, если у вас есть топология, которая читает из нескольких тем по N разделов каждый, вы получаете N задач, и каждая задача обрабатывает соответствующие разделы, ie, задача 0 обрабатывает нулевые разделы обеих входных тем, процессы задачи 1 разделы одной из обеих тем ввода, et c.