Вы создали этот коммит. Когда вы это сделали, вы включили измененную версию этого файла в коммит. Теперь вы пытаетесь объединить (это и есть запрос на удаление, это объединение), и git видит, что файл в этом коммите отличается от «того же» файла в конце ветви, с которой вы объединяетесь. Поэтому он учитывает это как часть слияния.
Если вы не хотите, чтобы это изменение было частью фиксации, не включайте изменения, внесенные в этот файл, в эту ветку. В вашей ветке сделайте коммит, который отменяет изменение, и pu sh. Теперь запрос на извлечение покажет, что файл совпадает с в качестве «того же» файла в конце ветви, с которой вы объединяетесь, и ему не нужно будет изменять файл как часть объединения .
Что касается .gitignore, то на данном этапе это не имеет значения. Вы уже показали git этот файл, сделав его частью коммита; впредь он не будет игнорировать это. Вы можете попросить его игнорировать будущие изменения в этом файле, когда вы будете делать новые коммиты впредь, но это не имеет ничего общего с .gitignore.