Как создать формат ввода стиля выражения из двоичной таблицы / матрицы?

Question

У меня есть двоичная таблица, подобная этой, в моем сценарии R:

>class(forCount)
[1] "table"

>forCount

                          Gene
Filename    CTX-M-27    IMI-1   IMP-39  IMP-4   KPC-2   NDM-1
batch0_01032019_ENT1    0   1   0   0   0   1
batch0_01032019_ENT2    0   0   0   0   1   1
batch0_01032019_ENT3    0   0   0   0   0   1
batch0_01032019_ENT4    0   0   0   0   0   1
batch0_01032019_ENT5    0   0   0   0   0   1
batch0_01032019_ENT6    0   0   0   0   0   1
batch0_01032019_ENT7    0   0   0   0   0   1

Как получить из этого следующую информацию?

NDM-1                  5
NDM-1&IMI-1        1
NDM-1&KPC-2      1

Edit1: выше данных были фиктивные данные , Согласно запросу @RonakShah о добавлении информации dput. Это образец моих данных в таблице.

> dput(forCount)
structure(c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 
0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 
0L, 0L, 0L), .Dim = c(6L, 16L), .Dimnames = structure(list(AssemblyFile = c("batch0_01032019_ENT1110", 
"batch0_01032019_ENT1125", "batch0_01032019_ENT1332", "batch0_01032019_ENT1349", 
"batch0_01032019_ENT1449", "batch0_01032019_ENT1607"), CPGene = c("", 
"CTX-M-27", "IMI-1", "IMP-39", "IMP-4", "KPC-2", "NDM-1", "NDM-4", 
"NDM-5", "NDM-7", "NDM-9", "OXA-181", "OXA-23", "OXA-232", "OXA-48", 
"VIM-4")), .Names = c("AssemblyFile", "CPGene")), class = "table")

Исходя из приведенных выше данных dput, я ожидаю следующий вывод, который состоит из 6 выборок, 5 выборок имеют KP C -2 и 1 образец имеет как KP C -2, так и CTX-M-27.

KPC-2                       5
KPC-2&CTX-M-27     1

Answer 1

Мы можем преобразовать данные в tibble и затем использовать tidyverse подходы

library(dplyr)
as_tibble(forCount) %>%
    filter(n ==1) %>%
    group_by(AssemblyFile) %>% 
    summarise(CPGene = toString(CPGene)) %>%
    count(CPGene)
# A tibble: 2 x 2
#  CPGene              n
#* <chr>           <int>
#1 CTX-M-27, KPC-2     1
#2 KPC-2               5

Answer 2

Вы можете преобразовать таблицу в фрейм данных и вставить имена столбцов в каждой строке, для которой в качестве значения указан 1, и подсчитать их появление, используя table.

df <- as.data.frame.matrix(forCount)
table(apply(df, 1, function(x) paste(names(df)[which(x == 1)], collapse = " & ")))

#CTX-M-27 & KPC-2            KPC-2 
#               1                5