Когда вы строили apache с mod_ perl, вы использовали v5.20, но, похоже, его больше нет. Различные версии Perl не гарантируются (или даже не пытаются) быть двоично-совместимыми. Между версиями Perl вам, вероятно, придется перекомпилировать все модули XS.
Вам нужно перекомпилировать apache с Perl, который вы хотите использовать, или установить Perl который apache хочет использовать. На этот раз вы можете статически скомпилировать mod_ perl в apache.
Однако эта проблема не указана c до Perl. Многие библиотеки программного обеспечения будут жаловаться аналогичным образом при замене библиотеки, с которой они скомпилированы.