Это довольно уродливо, но у меня это сработало.
- Переименуйте каталог для существующего проекта (который содержит Pubspe c .yaml) в old.my_app
- Создайте новый проект в том же месте с теми же параметрами (например, my_app)
- Переместите / переименуйте каталог macos во вновь созданном проекте (например, my_app) в каталог old.my_app
- Удалить каталог my_app (не каталог old.my_app!)
- Переместить / переименовать каталог old.my_app в my_app
Очевидно, что новое приложение macos не будет иметь любой код, который запускается в файле AppDelegate.swift (если есть), но на стороне Dart будет работать и приложение будет собираться.