Если кто-то еще наткнется на эту проблему, мне больше всего повезет -
Настройки> Контроль версий> Игнорируемые файлы
Добавить «Игнорировать все файлы, соответствующие» s для:
*. Идея
* .iml
Не уверен, какая версия IDEA выкатила эту функциональность, и этот вопрос несколько устарел, поэтому он может быть спорным. Просто надеюсь, что это поможет кому-то еще, кто попал сюда из Google, как я.