ОК, поэтому я выяснил, в чем проблема. «Ссылка на объект не установлена для экземпляра объекта» в этом случае была вызвана тем, что у меня не было ссылки на Microsoft.EntityFrameworkCore.Sqlite. У меня действительно была ссылка на Microsoft.EntityFrameworkCore.Sqlite.Core, которая позволила построить проект нормально, но, очевидно, это требуется для вызова Update-Database.
Также для всех, кому нужно сделать шаг назад и просто подтвердите, что они не сходят с ума, это хороший веб-сайт , описывающий, что нужно. Я использовал это только для того, чтобы убедиться, что все работает нормально, и я что-то не пропустил (что я, очевидно, имел).
TL: DR - Убедитесь, что у вас есть ссылка на Microsoft.EntityFrameworkCore. Sqlite