Создайте массив точек, затем добавьте его в свой LineRender следующим образом: lineRenderer.SetPositions(points);
Вы можете удалить значения в вашем массиве примерно так:
var pointsList = new List<Vector3>(pointsArray);
pointsList.RemoveAt(1);
pointsArray = pointsList.ToArray();
Затем обновите свой lineRenderer с новым массивом точек.