Мы можем order
после преобразования в класс времени
library(lubridate)
vect[order(hms(vect))]
#[1] "01:00:00" "12:00:00" "24:00:00"
Если нужно учитывать только «час», извлечь hour
и order
vect[order(hour(hms(vect)))]
Или в base R
vect[order(strptime(vect, format = "%H:%M:%S"))]