Если вы используете только список логических значений, тогда список будет выглядеть как [true, true, false, false, false, true]. Вам нужно будет сделать еще один список флажков и жениться на этих двух парнях, чтобы получить или установить.
Лучшая идея - подготовить список объектов. Каждый объект - это пара значений вашего флажка и статуса (true / false или check / unchecked). Альтернативой является подготовка JSON и получение / установка JSON из общего предпочтения.
Этот ответ в Stackoverflow показывает, как получить массив JSON в sharedprefs. Набор, как вы можете догадаться, очень похож.