Вы можете получить ссылку на элемент, откроется всплывающее окно. И откройте новую вкладку, например
body = driver.find_elements_by_css_selector("body")
body.send_keys(Keys.CONTROL + "t")
И откройте всплывающую ссылку в новой вкладке.
driver.get(<your_pop-up_link>)
Если вы отправите мне веб-сайт, я могу отправить вам рабочую демонстрацию