Самое простое решение, которое я могу придумать, - это просто включить оба файла и использовать медиазапросы:
@media (prefers-color-scheme: light) {
/* CSS here */
}
@media (prefers-color-scheme: dark) {
/* CSS here */
}
Затем браузер будет использовать цветовую схему системы пользователя, чтобы определить, какой набор CSS для использования.
(Для устаревших браузеров, вероятно, лучше всего, чтобы только один из файлов имел медиазапрос и включал этот файл вторым)