Преобразовать функцию r в rcpp - PullRequest
Новая
       13

Преобразовать функцию r в rcpp

0 голосов
/ 28 апреля 2020

Мне нужно преобразовать следующий код R в эквивалент r cpp, потому что R очень медленно работает с циклами; Я совершенно новичок в R cpp. Я знаю, что это длинный код, но мне просто нужно знать, синтаксис правильный или неправильный? Я застрял с медленным R для петель, и у меня заканчивается время! 

LC<- function(graph,adjMat)
{
LC <- list()
LCV <- matrix()
LCVF <- matrix()
CN <- matrix()
WFM <- matrix()
tabu <- list()
for (i in adjMat$edgeID)
{
    if(i %in% tabu){next}
    LCV <- t(ends(graph,i,names = TRUE))
    CN <- intersect(neighbors(Graph,V(Graph)[LCV[1]],mode = "all"),
                neighbors(Graph,V(Graph)[LCV[2]],mode = "all"))
    if(length(CN) <= 3 | is.null(CN)){next}
    WFM <- WFM(graph,adjMat,LCV)
    for(i in CN)
    {
        condition <- WFM(graph,adjMat,rbind(LCV,i)) >= WFM
        if(condition == TRUE)
        {
        LCVF <- sort(rbind(LCV,i))
        tabu <- append(tabu,list(insideOfCommEdgeIDs(graph,LCVF)))
        }
     }
    LCVF <- list(t(LCVF))
    LCVF <- list(unique(unlist(LCVF,use.names = FALSE)))
    LC <- append(LC,LCVF)
    }
    return(unique(LC))
   }

Вот моя попытка в R cpp: 

#include <Rcpp.h>
#include <igraph>
// [[Rcpp::plugins(cpp11)]]
using namespace Rcpp;

 // [[Rcpp::export]]

NumericVector LCrcpp(DataFrame g, ComplexMatrix a) 
{
// Environment
Environment igraph = Environment("package:igraph");
Environment base = Environment("package:base");


// Functions 
Function endIgraph = igraph["ends"];
Function Vrcpp = igraph["V"];
Function neighborsIgraph = igraph["neighbors"];
Function intersectRcpp = base["intersect"];
Function rbindRcpp = base["rbind"];
Function appendRcpp = base["append"];
Function tt = base["t"];
Function listt = base["list"]; 
Function unlistt = base["unlist"];
Function uniquet = base["unique"];
Function isnull = base["is.null"];

 //Variables
Rcpp::List LC; 
Rcpp::NumericMatrix LCV;
Rcpp::NumericMatrix LCVF;
Rcpp::NumericMatrix CN;
Rcpp::NumericMatrix WFM;
Rcpp::List Tabu;
Rcpp:bool Flag = false; 

 for(int i = 0; i <= length(a); ++i)
 {
   for(int j = 0; j <= length(Tabu); j++)
    {
      if(a[i][4] = Tabu[j])
      {
         Flag = true;
         break;
      }
    }
if(Flag)
{
   Flag = false;
   continue;
}
LCV = endIgraph(a[i][4]);
CN = intersectRcpp(
                 neighborsIgraph(g,Vrcpp(g)[LCV[0]],mode="all"),
                 neighborsIgraph(g,Vrcpp(g)[LCV[1]],mode="all")
                 );
if(length(CN) <= 1 || isnull(CN)){continue;};
for(int i = 0; i <= length(CN); ++i)
{
   if(WFM(g,a,rbindRcpp(LCV,CN[i])) >= WFM(g,a,LCV))
   {
      LCVF = sort(rbindRcpp(LCV,CN[i]));
      Tabu = appendRcpp(Tabu,list(insideOfCommEdgeIDs(g,LCVF)));
   }
}
LCVF = listt(tt(LCVF));
LCVF = listt(uniquet(unlistt(LCVF,use.names = FALSE)));
LC = appendRcpp(LC,LCVF);
}
return(LC);
}

Я знаю, что это может быть скучно, но кто-то может проверить только синтаксис?

...