read.table и skype первая строка файла в r - PullRequest
0 голосов
/ 28 апреля 2020

У меня есть файл, такой как:

file1.txt

#some info
#some other info 
#information again 
# Busco id  Status  Contig  Start   End Score   Length
EOG091B0006 Complete    scaffold_A  9626    40090   11575.7 6724
EOG091B0007 Fragmented  scaffold_B  455 4244    1660.7  935
EOG091B000H Complete    scaffold_C  4456    43328   7631.6  5014

, и я хотел бы прочитать, например:

Busco id    Status  Contig  Start   End Score   Length
EOG091B0006 Complete    scaffold_A  9626    40090   11575.7 6724
EOG091B0007 Fragmented  scaffold_B    455   4244    1660.7  935
EOG091B000H Complete    scaffold_C  4456    43328   7631.6  5014

Я пытался: tab_busco=read.table(file1.txt",header=T,sep='\t',skip = 4) но это не работает ...

1 Ответ

1 голос
/ 28 апреля 2020

Возможно, проблема в строках, начинающихся с "#", поскольку "#" интерпретируется как комментарий.

Попробуйте заменить его любым другим символом, например:

df <- read.table("file1.txt", header = TRUE, skip = 3, 
                 comment.char = "@", fill = TRUE)
Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...