Попробуйте добавить следующее свойство в файл application.properties, так как трассировка стека указывает на то, что это является возможной проблемой. Вы по-прежнему сможете подключаться к MySQL 5, даже с последними версиями драйверов mysql -jdb c, которые загружает Spring Boot.
spring.jpa.properties.hibernate.dialect = org.hibernate.dialect.MySQLInnoDBDialect
(или, наоборот, org.hibernate) .dialect.MySQLMyISAMDialect)