Вероятно, может быть решен с помощью procfile:
web: gunicorn app.app:app
Хотя для ясности вы можете с помощью sh переименовать папку верхнего уровня app
во что-нибудь другой, то есть:
web: gunicorn something.app:app
Или создайте файл something/__init__.py
с содержанием:
from .app import app
Затем просто procfile с:
web: gunicorn something:app