(мы не можем удалить миграции и добавить новую миграцию для создания их в один файл, потому что мы потеряем ручные изменения, которые мы делаем в миграциях).
Это это метод. Во-первых, вам не следует вносить ручные изменения в миграцию, и это одна из причин, почему. Вы либо go code-first, и генерируете миграции из своего кода (только), либо go database-first, и создаете код на основе базы данных. Вы пытаетесь создать гибрид, в котором вы вносите изменения в базу данных, которые не отражаются в вашем коде, и это плохой дизайн.