Я думал об удалении своего вопроса, поскольку нашел свою проблему, и это глупо, но, поскольку другие могут совершить ту же ошибку, я оставляю ее сейчас.
Мой файл данных был отформатирован неправильно и некоторые столбцы были "зажаты" вместе (я поражен, что gnuplot сумел построить его с первой командой). Например:
1415.8510073.5710065.88 61.32 61.58
вместо
1415.85 10073.57 10065.88 61.32 61.58
После того, как я правильно разделил столбцы, все вернулось в порядок.