Как преобразовать из длинного формата в широкоформатный, когда вектор фактора отличается для каждого объекта? - PullRequest
0 голосов
/ 28 января 2020

У меня есть несколько тибблов в списке, позже данные были выведены из списка с помощью rbindlist. С помощью этих данных я пытаюсь преобразовать из длинного формата в широкоформатный, но коэффициент, используемый для получения этого результата, отличается в каждом случае, и это влияет на функцию разброса, и получить данные невозможно.

Это источник для вывода


[991]]
# A tibble: 1 x 5
  species                 measure                         min   max value  
  <chr>                   <chr>                         <int> <int> <chr>  
1 Ellisella hemisphaerica mineralized skeleton contains    NA    NA calcite

[[992]]
# A tibble: 1 x 5
  species           measure                         min   max value  
  <chr>             <chr>                         <int> <int> <chr>  
1 Ellisella calamus mineralized skeleton contains    NA    NA calcite

[[993]]
# A tibble: 1 x 5
  species             measure                         min   max value  
  <chr>               <chr>                         <int> <int> <chr>  
1 Ellisella funculina mineralized skeleton contains    NA    NA calcite

[[994]]
# A tibble: 27 x 5
   species      measure                             min    max value                 
   <chr>        <chr>                             <dbl>  <dbl> <chr>                 
 1 Ellisellidae ecomorphological guild             NA     NA   "planktonic"          
 2 Ellisellidae habitat is                         NA     NA   "marine benthic biome"
 3 Ellisellidae latitude                          -34.4   38.2 "degrees"             
 4 Ellisellidae longitude                        -159.   168.  "degrees"             
 5 Ellisellidae mineralized skeleton contains      NA     NA   "calcite"             
 6 Ellisellidae number of DNA Records In GGBN       0      0   "show all records"    
 7 Ellisellidae number of public records in BOLD   18     18   ""                    
 8 Ellisellidae number of records in BOLD          54     54   ""                    
 9 Ellisellidae number of records in GBIF        7161   7161   ""                    
10 Ellisellidae number of references in BHL        49     49   ""                    
# ... with 17 more rows

[[995]]
# A tibble: 4 x 5
  species             measure                       min   max value               
  <chr>               <chr>                       <int> <int> <chr>               
1 Exaiptasia diaphana ecomorphological guild         NA    NA planktonic          
2 Exaiptasia diaphana habitat is                     NA    NA marine benthic biome
3 Exaiptasia diaphana mineralized tissue contains    NA    NA no                  
4 Exaiptasia diaphana trophic level                  NA    NA carnivore           

[[996]]
NULL

[[997]]
# A tibble: 18 x 5
   species               measure                                   min     max value                                                  
   <chr>                 <chr>                                   <dbl>   <dbl> <chr>                                                  
 1 Leptogorgia virgulata ecomorphological guild                 NA       NA    planktonic                                             
 2 Leptogorgia virgulata geographic distribution includes       NA       NA    North Atlantic                                         
 3 Leptogorgia virgulata habitat is                             NA       NA    marine benthic biome                                   
 4 Leptogorgia virgulata has habitat                            NA       NA    limestone                                              
 5 Leptogorgia virgulata is eaten by                          1758     1758    Centropristis philadelphica (Linnaeus ) (rock sea bass)
 6 Leptogorgia virgulata latitude                               11.3     37.4  degrees                                                
 7 Leptogorgia virgulata longitude                             -97.2    -70.7  degrees                                                
 8 Leptogorgia virgulata mineralized skeleton contains          NA       NA    calcite                                                
 9 Leptogorgia virgulata skeleton structure                     NA       NA    condensed                                              
10 Leptogorgia virgulata Supporting Structures and Enclosures   NA       NA    show all records   endoskeleton                        
11 Leptogorgia virgulata water depth                             2.4    220    m                                                      
12 Leptogorgia virgulata water dissolved O2 concentration        4.52     4.90 mL/L                                                   
13 Leptogorgia virgulata water nitrate concentration             0.325    2.01 µmol/L                                                 
14 Leptogorgia virgulata water O2 saturation                    94.7    101.   percent                                                
15 Leptogorgia virgulata water phosphate concentration           0.1      0.18 µmol/L                                                 
16 Leptogorgia virgulata water salinity                         35.6     36.2  PSU                                                    
17 Leptogorgia virgulata water silicate concentration            0.756    1.52 µmol/L                                                 
18 Leptogorgia virgulata water temperature                      23.5     24.3  degrees Celsius                                        

[[998]]
# A tibble: 2 x 5
  species                measure                       min   max value            
  <chr>                  <chr>                       <int> <int> <chr>            
1 Macrorhynchia ramulosa mineralized tissue contains    NA    NA calcium phosphate
2 Macrorhynchia ramulosa trophic level                  NA    NA carnivore        

[[999]]
# A tibble: 28 x 5
   species              measure                             min    max value                                                     
   <chr>                <chr>                             <dbl>  <dbl> <chr>                                                     
 1 Millepora alcicornis conservation status                NA     NA   CITES Appendix II                                         
 2 Millepora alcicornis eats                             1847   1894   Parvocalanus crassirostris (Dahl F. )                     
 3 Millepora alcicornis ecomorphological guild             NA     NA   planktonic                                                
 4 Millepora alcicornis first appearance                   NA     NA   million years ago                                         
 5 Millepora alcicornis geographic distribution includes   NA     NA   South Atlantic                                            
 6 Millepora alcicornis habitat is                         NA     NA   marine benthic biome                                      
 7 Millepora alcicornis has habitat                        NA     NA   subtropical                                               
 8 Millepora alcicornis is eaten by                      1765   1863   Cantherhines macrocerus (Hollard ) (Whitespotted Filefish)
 9 Millepora alcicornis last appearance                    NA     NA   million years ago                                         
10 Millepora alcicornis latitude                          -23.2   32.4 degrees                                                   
# ... with 18 more rows

[[1000]]
# A tibble: 4 x 5
  species              measure                       min   max value            
  <chr>                <chr>                       <int> <int> <chr>            
1 Millepora alcicornis mineralized tissue contains    NA    NA calcium phosphate
2 alcicornis           mineralized tissue contains    NA    NA calcium phosphate
3 Millepora alcicornis trophic level                  NA    NA carnivore        
4 alcicornis           trophic level                  NA    NA carnivore  

Them. Список rbindlist назывался

I<-rbindlist(output[991:1000], use.names = TRUE, fill=TRUE)

Это строка

A1<-I%>% spread(key=measure,value=min)

И полученный результат равен

Error: Each row of output must be identified by a unique combination of keys.
Keys are shared for 4 rows:
* 66, 83
* 73, 85

Требуемым результатом является таблица с информацией, представленной в мерах в виде имен столбцов с информацией о минимуме, максимуме и значении; однако, я не представил этот результат, потому что я планировал получить с merge_all с тремя финальными таблицами.

Table with measure information as column names

...