У меня проблема с запуском Rmd в RStudio, который отлично выполняет все чанки, но вязание (в документ html) приводит к неясной ошибке.
Для отладки я запустил sessionInfo() как в обычном сеансе R, так и в чистом Rmd с загруженными одинаковыми пакетами.
Единственное отличие состоит в том, что R-сеанс говорит
BLAS: /System/Library/Frameworks/Accelerate.framework/Versions/A/Frameworks/vecLib.framework/Versions/A/libBLAS.dylib
, тогда как Rmd вывод sessionInfo():
BLAS: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/lib/libRblas.0.dylib
Может ли это быть проблемой или нормально ли для сеанса R внутри RStudio использовать другой BLAS для RMarkdown?
Узнав о BLAS, я прочитал, что это результат вызова extSoftVersion()["BLAS"], который задокументирован здесь и говорит:
Имя двоичного / исполняемого файла для BLAS может использоваться как указание того, какая реализация используется. Как правило, R-версия BLAS будет выглядеть как libR.so (libR.dylib), R или libRblas.so (libRblas.dylib), в зависимости от того, как был построен R. Обратите внимание, что libRblas.so (libRblas.dylib) также может быть показан для внешней реализации BLAS, которая была скопирована, жестко связана или переименована системным администратором. Для внешнего BLAS будет предоставлен общий объектный файл, и его путь / имя может указывать поставщика / версию. Обнаружение не работает на Windows.
FWIW Я попытался просто переместить работающий BLAS в местоположение неработающего BLAS (удаляя неработающий файл), но я получаю
dyld: Library not loaded: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/lib/libRblas.dylib
Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/exec/R
Reason: image not found